根據農業(yè)部第2603號公告，經農業(yè)部審定，批準建立12處國家級水產種質資源保護區(qū)（第十一批）。江蘇省海洋與漁業(yè)局申報的高郵湖青蝦國家級水產種質資源保護區(qū)和洪澤湖黃顙魚國家級水產種質資源保護區(qū)獲批。目前，江蘇省已設立國家級水產種質資源保護區(qū)36處。

高郵湖青蝦國家級水產種質資源保護區(qū)位于高郵湖黃浦尖至董寺尖一線外水域，主要保護對象為青蝦，其他保護對象為鯽魚、河蜆；洪澤湖黃顙魚國家級水產種質資源保護區(qū)位于江蘇省宿遷市泗陽縣、泗洪縣洪澤湖水域，主要保護對象為黃顙魚，其他保護對象為青蝦。

青蝦與黃顙魚，均是《國家重點保護經濟水生動植物資源名錄（第一批）》公布的國家重點保護經濟物種，保護區(qū)的建成對我省水產種質資源的保護、漁業(yè)的可持續(xù)發(fā)展及漁民權益的維護有著重要的意義。